1) Стоит ли делать отверстие датчика температуры в узле отбора, если мы вообще используем только контроль температуры в кубе и в царге (1/3 от узла отбора)?
Ну для любопытства))) Можно и не делать, если все себе хорошо представляете.
2) Если вставлять щуп термометра в крышку куба, то возможно ли сделать под него отверстие в кубе чуть больше диаметра щупа и вставлять его в куб через силиконовую трубочку в качестве прокладки? Выдержит ли температуру силикон? Или может подскажете как по другому можно реализовать герметичность.
Силикон легко выдержит
По п. 3 не подскажу, таких не использовал.
Хорошо живет на свете Винни-Пух...